Kính hiển vi soi nổi được gọi là “soi nổi” vì hình ảnh quan sát được có độ nổi, có chiều sâu — nhờ hệ thống hai đường quang học riêng biệt cho hai mắt người quan sát. Mỗi mắt nhìn mẫu vật từ một góc hơi khác nhau, kính hiển vi soi vi khuẩn nhờ đó tạo ra hình ảnh lập thể 3D sống động.